李军祥教授运用现代检测手段胃镜和结肠镜等诊治疾病，对各种疑难病症有较高的诊治水平，尤其擅长治疗慢性肝病如酒精性肝硬化、肝炎肝硬化、脂肪肝、肝癌、肝囊肿、自身免疫性肝病等疾病和慢性胃肠病如萎缩性胃炎、癌前病变、胆汁反流性胃炎、溃疡性结肠炎、习惯性便秘等。

在国内外杂志共发表论文60余篇，主编著作4部，参加编写著作10部，承担国家科技重大新药创制、国家十一五支撑计划课题、国家自然科学基金课题、教育部新世纪人才资助计划、教育部重点项目课题、高校博士点课题、北京市教委产学研新药课题和北京市自然科学基金课题等。获教育部科技进步二等奖、中华中医药学会科技进步二等奖和北京市科技进步三等奖各一项。

社会职务：

中国中西医结合学会消化专业委员会秘书长

世界中医药联合会消化疾病专业委员会常务理事兼副秘书长

中华中医药学会脾胃病分会常委兼副秘书长

北京市中西医结合学会消化专业委员会副主任委员

北京市中医药学会内科脾胃病分会副主任委员

北京市中医药学会青年工作者委员会委员

北京市中医协会理事

中西医结合学报编委

中国中西医结合消化杂志编委

世界华人消化杂志编委

世界中西医结合杂志编委

国家自然科学基金评审专家

国家食品药品监督管理局药品审评委员会专家

国家发展和改革委员会药品价格评审专家

全国医学专业学位教育指导委员会专家

中央电视台《中华医药》《健康之路》等栏目特邀嘉宾。